肛瘘不能自愈，必须手术治疗。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。

　　肛瘘切除一期缝合

　　本法始于Tuttle(1903)，但未能推广，原因可能是，理论上不太充足；手术结果不满意；许多外科专家反对。至1949年，Starr又再次提出此法，并提出一些有效措施，效果较满意，才得以推广。本法仅适用于单纯性或复杂性低位直型肛瘘，如触到瘘管呈硬索状，则效果更好。